খাদ্য বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি ইনস্টিটিউট কে সেন্টার অব এক্সসেলেন্স হিসাবে প্রতিষ্ঠাকরণের লক্ষ্যে বর্তমান চাহিদার উপর ভিত্তি করে খাদ্য শিল্পোভিত্তিক ও প্রযুক্তিগত গবেষণা ও উদ্ভাবন। এছাড়াও নিরাপদ খাদ্য নিশ্চিতকরণের লক্ষ্যে ভেজাল খাদ্য সনাক্তকরণ, খাদ্যদ্রব্যের মানসম্মত সংরক্ষণ, প্রক্রিয়াজাতকরণ ও কাঁচামালের বিশ্লেষণ গবেষণার মাধ্যমে শিল্প প্রতিষ্ঠানকে সহায়তা প্রদান।

বাংলাদেশের জনগণের আর্থ-সামাজিক ও পরিবেশগত টেকসই উন্নয়নের লক্ষ্যে খাদ্য বিজ্ঞান ভিত্তিক গবেষণা ও উন্নয়ন এবং বিশ্লেষণ সেবার মাধ্যমে শিল্পায়নে সহায়তা প্রদান।